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物理图谱

BAC物理图谱是全基因组从头测序、功能基因原位克隆和基因组比较研究等的重要工具。


    本公司团队人员有多年的BAC物理图谱制作和比较分析经验 (Lin et al., 2012; Wang et al., 2013; Wang et al., 2014; Pan et al., 2014), 发明了一种新方法,已获得发明专利(201310288791.8):


    与原有BAC物理图谱制作方法相比,我们的方法有如下特点:


  1. 高效、简便、经济、性价比高,使得构建物理图谱的花费在可承受范围内。
  2. 不依赖酶切位点,分辨率高。原有方法依赖酶切位点,但酶切位点数量有限,且并非平均分布,同时受实验条件、反应体系、酶切片段长度估算和实验操作等诸多因素影响(如星活性或不完全酶切),并且一般每次只能获得由一种酶制作的物理图谱,由不同酶制作的物理图谱不能整合。而我们的方法利用的是任意序列,其结果可以整合。
  3. 我们方法可同时获得物理图谱和与物理图谱整合的序列草图,其上的序列可作为锚定点与其它任何方法产生的序列整合,这特别适合已用二代测序但组装困难的基因组,也就是说可使已有二代序列得到重新利用。
  4. 因为序列先定位到了BAC克隆上,对杂合基因组的组装有利。

与光学物理图谱相比,我们方法制作的物理图谱有如下特点:


  1. 光学物理图谱基于酶切位点,存在除上述第2点提到的问题外,如果直接用基因组DNA实验还有DNA甲基化等修饰引起的问题,而我们的物理图谱不依赖酶切位点。
  2. 光学物理图谱只能用于对已拼装的序列作初步验证(不能作最终确定,因为根据的是有限的酶切位点和酶种类而不是序列信息),我们的BAC物理图谱则用于指导序列拼装,而全基因组测序的难点正是拼装。
  3. BAC物理图谱指导下的测序大大降低了基因组的复杂度,对复杂基因组测序,BAC物理图谱起着光学物理图谱无可比拟的作用。
  4. 光学物理图谱无实物,不能帮助完成序列,而我们的物理图谱能为定向测序、补缺或整合同一基因组其它来源的序列提供框架和DNA模板,最终帮助完成参考序列级的全基因组序列。